Sabe-se que a Grande Vitória sofre há anos com a pressão imobiliária em suas praias, a poluição do mar por empreendimentos diversos, o despejo de esgoto “in natura”, a pesca predatória e o lixo descartado incorretamente, tanto nas praias, quanto nos rios que desaguam no entorno da APA. Esses são apenas alguns problemas, dentre tantos outros, que uma Unidade de Conservação dentro de uma capital sofre. 
Algumas espécies que sofrem com pressões antrópicas na região, encontram-se em categorias de ameaça. Segundo o Livro Vermelho da Fauna Brasileira Ameaçada de Extinção, a Tartaruga-verde (Chelonia mydas), uma das espécies de tartarugas marinhas de ocorrência na APA, encontra-se em categoria vulnerável, devido à maturação tardia, tornando sua recuperação lenta (ICMBIO, 2018). 

Entretanto, é importante salientar que Vitória é situada dentro de uma região estuarina, que é favorável à manutenção de ecossistemas. Tendo em seu território, por exemplo, um grande manguezal. De acordo com PORTO, et al. (2007) um dos maiores manguezais urbanos no país se encontra em Vitória, no Espírito Santo, com área superior a 800 hectares. 

O manguezal, além de ser considerado um berçário para diversas espécies marinhas, também apresenta importância econômica para a população, que retira dele seu sustento. Por ser uma área de transição entre o ambiente terrestre e marinho, muitas espécies se beneficiam dessa riqueza de nutrientes que ele proporciona. Além de prover abrigo para muitas espécies marinhas que o utilizam como área de reprodução. 

Um grande exemplo desse beneficiamento é o peixe Mero (Epinephelus itajara), que em sua fase juvenil pode ser encontrado nos estuários entre raízes de mangues. O mero é caracterizado por ser uma espécie eurialina, que apresenta adaptações fisiológicas para suportar variações de salinidade (PEREIRA et al, 2021) e, também está listado na categoria vulnerável da lista vermelha de espécies ameaçadas de extinção, tendo a última avaliação feita em 2016 (IUCN, 2021). 

Além de reforçada pelos manguezais, um fato interessante é que a Baía das Tartarugas representa o início da cadeia de Vitória-Trindade e também do Banco dos Abrolhos, que são mundialmente conhecidos por sua grande diversidade de espécies e importância ecológica, ambos possuindo um enorme potencial para manutenção do ecossistema marinho. Além disso, a localização geográfica de Vitória faz com que seja beneficiada pelo encontro de correntes marinhas vindas do sul (mais frias) e correntes vindas do norte (mais quentes). Isso fez com que o clima da região se mantivesse estável por milhões de anos, sendo menos vulnerável às variações climáticas do planeta. Não é por coincidência que muitas espécies escolham o Espírito Santo e a Bahia como seu berçário, a exemplo das tartarugas-de-couro e das baleias-jubarte. 

A presença destes fatores podem ser grandes influenciadores da existência de uma ampla biodiversidade ainda encontrada na Baía das Tartarugas, principalmente as tartarugas marinhas e peixes recifais, que mesmo ameaçados, ainda são abundantes na APA. Motivo que elegeram, as tartarugas, em especial, como personagem fundamental para a escolha do nome da Unidade de Conservação.